Bioclipse

Bioclipse

Informations

Développé par	Le projet Bioclipse
Première version	17 novembre 2005
Dernière version	2.6.2 (1er novembre 2016)[1]
Écrit en	Java
Environnement	Multiplate-forme
Formats lus	Chemical Markup Language, Simplified Molecular Input Line Entry Specification et International Chemical Identifier
Type	Chemo-informatique/Bio-informatique
Licence	Eclipse Public License
Site web	www.bioclipse.net

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Bioclipse est un logiciel de visualisation utilisé en chimie et en bio-informatique. Il est développé en langage de programmation Java sur la plateforme client riche Eclipse et est distribué sous licence open source.

Bioclipse utilise une architecture à base de plugins qui hérite des fonctionnalités de base et des interfaces graphiques d'Eclipse, tels que le système d'aide, l'interface de mise à jour du logiciel, la gestion des préférences, le déploiement multiplate-forme, etc. Grâce à ces plugins, Bioclipse fournit de nombreuses fonctions pour la chémo- et la bio-informatique, et propose des possibilités d'extension qui permettent d'ajouter facilement de nouvelles fonctionnalités.

La première version stable de Bioclipse inclut un plugin CDK (back-end de chemo-informatique), un plugin Jmol pour la visualisation 3D et un plugin BioJava pour l'analyse de séquences. Bioclipse est développé par un consortium de laboratoires :

• Proteochemometric Group (université d'Uppsala, Suède) ;
• Chemoinformatics and Metabolism Team (EBI, Royaume-Uni) ;
• Division of Analytical Biosciences (université de Leyde, Pays-Bas).

Ces développements ont été enrichies par de nombreuses contributions d'autres laboratoires académiques.

Liens externes

• (en) Page officielle de Bioclipse
• (en) Page du projet sur SourceForge
• (en) Le wiki

Bibliographie

• Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl E.S. Wikberg
  Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics,
  BMC Bioinformatics, 2007, 8. DOI 10.1186/1471-2105-8-59

Notes et références

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