SOX2

SOX2
Structures disponibles PDB Recherche d'orthologue: PDBe RCSB Identifiants PDB 1O4X, 2LE4
Identifiants
Aliases	SOX2
IDs externes	OMIM: 184429 MGI: 98364 HomoloGene: 68298 GeneCards: SOX2
Position du gène (Homme) Chr. Chromosome 3 humain[1] Locus 3q26.33 Début 181,711,925 bp[1] Fin 181,714,436 bp[1]
Position du gène (Souris) Chr. Chromosome 3 (souris)[2] Locus 3 A3|3 16.93 cM Début 34,704,554 bp[2] Fin 34,706,610 bp[2]
Expression génétique Bgee Humain Souris (orthologue) Fortement exprimé dans cellule épithéliale bronchiale éminence ganglionnaire external globus pallidus Aire tegmentale ventrale noyau vestibulaire supérieur cavité buccale noyau sous-thalamique cellule endothéliale ganglion inférieur du nerf vague noyau accumbens Fortement exprimé dans medial ganglionic eminence Noyau suprachiasmatique superior surface of tongue éminence médiane épithélium respiratoire Épithélium olfactif utricle cervical loop ventromedial nucleus noyau paraventriculaire de l'hypothalamus Plus de données d'expression de référence BioGPS Plus de données d'expression de référence
Gene Ontology Fonction moléculaire liaison ADN sequence-specific DNA binding liaison miARN DNA-binding transcription factor activity DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific transcription cis-regulatory region binding liaison protéique DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Composant cellulaire cytoplasme cytosol transcription regulator complex nucléoplasme noyau Processus biologique développement de l'œil pituitary gland development regulation of transcription, DNA-templated negative regulation of neuron differentiation somatic stem cell population maintenance endodermal cell fate specification positive regulation of cell-cell adhesion tissue regeneration negative regulation of transcription by RNA polymerase II organisation de la chromatine transcription by RNA polymerase II regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process adenohypophysis development transcription, DNA-templated neuronal stem cell population maintenance régulation positive de la transcription dépendante de l'ADN développent d'un organisme multicellulaire glial cell fate commitment response to wounding osteoblast differentiation positive regulation of cell differentiation negative regulation of epithelial cell proliferation régulation de l'expression des gènes inner ear development forebrain development response to growth factor negative regulation of canonical Wnt signaling pathway positive regulation of MAPK cascade positive regulation of transcription by RNA polymerase II cytokine-mediated signaling pathway différenciation cellulaire cell fate commitment central nervous system development différenciation d'un neurone Sources:Amigo / QuickGO
Orthologues Espèces Homme Souris Entrez 6657 20674 Ensembl ENSG00000181449 ENSMUSG00000074637 UniProt P48431 P48432 RefSeq (mRNA) NM_003106 NM_011443 RefSeq (protéine) NP_003097 NP_035573 Localisation (UCSC) Chr 3: 181.71 – 181.71 Mb Chr 3: 34.7 – 34.71 Mb Publication PubMed [3] [4]
Wikidata
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La protéine SOX2 est un facteur de transcription essentiel dans le maintien de l’auto renouvellement des cellules souches embryogéniques indifférenciées notamment au niveau oculaire et neurologique. C'est une protéine de 317 acides aminés. Les mutations pathologiques sont responsables de pathologies spécifiques telle l'anophtalmie (absence d'un œil ou des deux yeux).

Gène

La protéine SOX2 est le produit de la transcription du gène SOX2 que l’on retrouve sur le chromosome 3 du locus 3q26-3q27 chez l’être humain^[5]. SOX2 est aussi connu sous les noms ANOP3, MCOPS3 et MGC2413. La séquence codante comprend un unique exon. D’ailleurs, le gène SOX2 à la particularité d’être situé dans l’intron d’un autre gène nommé SOX2OT (SOX2 overlapping transcript)^[6]. Il appartient au groupe des gènes SOXB comprenant aussi SOX1, SOX3, SOX14, et SOX21.

Note : SOX2 fait partie du cocktail de quatre gènes utilisé par James Alexander Thomson ou par Shinya Yamanaka pour leurs expériences de dédifférenciation de cellules souches adultes en cellules souches embryonnaires.

Protéine

Sox2 est une protéine de 317 acides aminés. Son poids moléculaire est de 34 310 Da. Son hydrophobicité est de -0,7. La protéine Sox2 possède une région nommée boîte-HMG de 69 acides aminés. C’est une protéine exprimée dans le noyau cellulaire.

Homologie

On retrouve un homologue de Sox2 chez la souris qu’on nomme Sox2_mouse^[7]. Ce gène possède 319 acides aminés et a un poids moléculaire de 34454 Da. Cet homologue se situe également sur le chromosome 3.

Famille SOX

Sox2 est en fait l’abréviation de « SRY-related HMG-box gene 2 » qui peut être divisé en deux parties :

• HMG-box pour « high mobility group » et c’est le nom que l’on donne à la région d’acides aminés de Sox2 qui se fixera à l’ADN ;

• SRY pour « sex determining region Y ».

Sox2 fait partie de la famille de gènes SOX qui code des facteurs de transcription dont la boîte-HMG ressemble à celle que l’on retrouve sur Sry qui est le produit de la transcription du gène SRY.

Fonction

Sox2 en tant que facteur de transcription lors de l’embryogenèse se retrouve donc impliqué dans plusieurs processus biologiques tels que la neurogenèse, la formation de l’ectoderme, l’endoderme et le mésoderme^[8]. Sox2 n’agit pas seul, il forme un complexe avec d’autres facteurs de transcription tels que NANOG, Oct4, Oct1 lors de l’embryogenèse. En ce qui concerne le complexe NANOG/Oct4/Sox2, il a été démontré qu’il pourrait s’autoréguler par la propre régulation de chacun des facteurs^[7].

Lors de la culture de cellules souches embryogéniques, il faut ajouter des facteurs de transcription tels que NANOG, Oct1/4 et Sox2 pour maintenir l’auto renouvellement des cellules souches indifférenciées.

Pathologies

La principale pathologie liée à un trouble de mutation du gène SOX2 est l’anophtalmie/microphtalmie. L’anophtalmie est une maladie congénitale qui induit l’absence bilatérale ou unilatérale du globe oculaire chez le nouveau-né. La microphtalmie est quant à elle une maladie chez le nouveau-né qui lui confère des globes oculaires non fonctionnels et qui sont en fait des vestiges produits par un arrêt de différenciation des cellules lors de l’embryogenèse. Une étude effectuée en Angleterre rapporte que sur 50 000 nouveau-nés, il y avait un enfant atteint d’anophtalmie ou de microphtalmie sur 10 000^[9]. L’anophtalmie est une maladie très rare qui cause de très lourds dommages allant jusqu’à l’aveuglement total chez l’enfant dû à l’absence des deux globes oculaires. Dans un article, on rapporte que l’anophtalmie serait causée par une délétion de 20 paires de bases dans le gène SOX2^[10]. Une autre étude a démontré que PAX6, SOX2 et OXT2 jouent un rôle important pour le développement des yeux^[11].

Les caractéristiques cliniques de la maladie sont des troubles de l’apprentissage, une croissance post-natale insuffisante et une crytorchidie ou micro pénis chez les garçons

Pour ce qui est des traitements, ils sont encore au stade de recherche. Par contre, les médecins font un suivi tout au long de la croissance de l’enfant, car leur visage risque d’être modifié à cause de l’absence du ou des globes oculaires. Pour empêcher cette déformation visuelle, il est possible de poser des prothèses.

Références

Sources

• (en) David R Fitzpatrick, SOX2-Related Eye Disorders in GeneTests: Medical Genetics Information Resource (database online). Copyright, University of Washington, Seattle. 1993-2006

Voir aussi

• Protéines SOX

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